Net als de meeste in de middeleeuwen gebouwde kerken en kathedralen, heeft ook de Buurkerk in diens lange levensloop vele bouwfases gekend. In tijden van religieuze en economische groei werd de Buurkerk uitgebreid, met onder andere kapellen, zijbeuken, koren en een imponerend grote kap op het middenschip. Bij financiële krapte en in tijden van rampspoed stond de bouw stil of kromp de kerk juist weer. Onder andere de beeldenstorm speelde daarbij een belangrijke rol. De huidige zuilenstructuur en bouw zoals we deze vandaag de dag nog herkennen, dateert uit de glorieuze jaren van de 15de en 16de eeuw.
Er zijn aanwijzingen dat er al in de 10e eeuw sprake moet zijn geweest van een kerk op de plek waar later de Buurkerk is ontstaan. In geschriften uit 1007, wordt namelijk melding gemaakt van een de wijk ‘Stathe’ waar resten werden gevonden van een torenfundering. In 1131 wordt de Buurkerk voor het eerst officieel vermeld. Deze oorspronkelijke romaanse kerk had zwaar te lijden onder de vele branden die de stad in de 12de en 13de eeuw met regelmaat in puin legden. In het midden van de 13de eeuw begon men aan de bouw van een katholieke, gotische kerk. In de eeuwen daarna werd er (ondanks de gebruikelijke onderbrekingen die soms decennia konden duren) gestaag verder gebouwd. Dat had te maken met zowel de kerkelijke, als maatschappelijke dubbelrol die de Buurkerk altijd heeft gespeeld. Ook in de stedelijke politiek nam de kerk namelijk een belangrijke plek in. En in de jaren 1535-1540 was de Buurkerk op het allergrootst. Maar er zijn ook plannen die om allerlei redenen nooit zijn uitgevoerd. Zo was het in het jaar 1405 de bedoeling dat de toren een achtkantige lantaarnbekroning – als evenbeeld van de Dom – zou krijgen. Maar in plaats daarvan kreeg de toren dat jaar een ‘tijdelijke’ torenspits. En, die zit er nu nog steeds.
Op zondag 25 augustus 1566 was de katholieke Buurkerk de eerste Utrechtse kerk die slachtoffer werd van de beeldenstorm. Na een tweede beeldenstorm in 1579 werd de kerk definitief aan de hervormingsgezinden gegeven. In 1586 werd de hele koorpartij gesloopt. Op deze locatie bevindt zich tegenwoordig de Choorstraat. Ook de eens zo bont gekleurde muren, gewelven en zuilen van de kerk werden in deze tijd wit gemaakt en vele beelden werden verwijderd. In de eeuwen die volgden, vonden er uiteraard nog meer aanpassingen plaats. In 1984 werd de kerk geschikt gemaakt voor museaal gebruik en werden er museumzalen met promenades bovenop gebouwd. Deze zijn in een kring rondom het middenschip geplaatst en als een ‘doosje’ in de middeleeuwse zuilenstructuur gezet. Elke vorm van bevestiging die de monumentale muren zou kunnen aantasten, is daarbij vermeden. Ook werden enkele fresco’s onder het witte kalk vandaan gehaald en gerestaureerd. In 2006 werd in de kerk een derde verdieping aan de Choorstraat-zijde gebouwd. Op de plaats van het oude transept van de kerk, werd een grote glazen ruimte gebouwd. Met een prachtig uitzicht torent deze zaal nog steeds indrukwekkend boven het middenschip uit. Dankzij deze verbouwingen telt de kerk vandaag de dag bijna 2500m2 vloeroppervlakte.