Utrecht blijft groeien en de Buurkerk dus ook. De kerk is inmiddels zo groot dat er nog maar een nauw steegje overblijft tussen het koor en de huizen aan de gracht. Het stedelijke verkeer zoekt daarom al gauw een andere route en verplaatst zich dwars door de kerk. De ruimte tussen de noordelijke en zuidelijke ingang wordt een belangrijke verbinding tussen de twee stadszijdes.
Karel V wordt stadsbestuurder.
Karel V vermindert de politieke invloed van de gilden, maar bemoeit zich niet met hun economische en religieuze bezigheden. Ze blijven actief in de Buurkerk en bepalend voor het voortbestaan van de kerk.
De eerste beeldenstorm vindt plaats. In Utrecht is de Buurkerk het eerste slachtoffer van boze vernielingen.
In het Kasteel Vredenburg is het Spaanse garnizoen gevestigd. Wanneer zij zich verdedigen beschieten zij de Buurtoren. Ingemetselde kogels herinneren hier vandaag de dag nog steeds aan.
De tweede beeldenstorm vindt plaats. De Buurkerk wordt aan de hervormingsgezinden gegeven en de muren worden aan de binnenkant wit gewassen.
Het grote koor aan de oostzijde wordt gesloopt op de plek waar zich nu de Choorstraat bevindt.